In Nuns on the Run zijn de meeste spelers novicen die 's nachts stiekem de grote abdij willen verkennen om hun "geheime wens" te vervullen. Ze sluipen door gangen op zoek naar sleutels en schatten. (Naar welke schatten zou een novice op zoek kunnen zijn? Verboden koekjes? Een zachte matras? Of verdovende middelen? Of een boek over hekserij?)
Terwijl ze door de abdij sluipen, moeten de novicen waakzaam blijven voor de abdis of priorin, die patrouilleren om ervoor te zorgen dat pure novicen dat ook blijven. Deze personages worden bestuurd door andere spelers die de novicen willen pakken voordat ze weer naar bed kunnen.
Spelers spelen als novice of als abdis of priorin. De novicen bewegen zich in het geheim en vermijden dat ze door de abdis of priorin gezien of gehoord worden. Het doel is om de locatie op het bord te bereiken waar de novice haar "geheime wens" kan vervullen en ongezien terug te keren naar hun kamer. Alle novicen bewegen zich in het geheim door hun beweging en locatie op verborgen bladen te markeren. De abdis en priorin bewegen zich volgens vaste paden over het bord, maar kunnen afwijken en novicen die ze zien of horen, achtervolgen. De speler of spelers die hun geheime wensen vervullen en terugkeren naar hun kamers, winnen, of de abdis en priorin winnen als ze een bepaald aantal novicen vangen.
